为有效推进财政管理科学化、规范化，推进依法行政，近年来，财政部门采取了一系列行之有效的措施。
    (1)建立了以部门预算管理为核心的规范、透明的预算编制制度。从1999年起，财政部在中央一级开始推进部门预算管理改革，从机制上保证了预算资金科学、规范地分配。在预算编制程序上，制定了中央部门预算编制规程，明确了预算编制各阶段的时间安排、具体工作任务、各部门职能权限等，从制度上保证了预算编制工作的规范、透明。目前全国所有的省本级和大部分地市，都已经实行了部门预算编制管理改革，一些地方已经延伸到县一级。
    (2)建立了以国库集中收付制度为核心的预算执行制度。2001年，财政部启动了国库管理制度改革，通过改革，减少了中间环节，提高了财政资金运行的安全性。到2005年底，地方36 个省区市全面实施了改革，并将改革推进到200多个地市和500多个县。另外，积极推进政府采购制度，不断扩大政府采购范围、规模。
    (3）报送全国人大审议的中央总预算及中央部门预算的透明度不断提高。自2000预算年度开始，财政部报送全国人大审议的中央部门预算逐年增加，到2006 年，国务院所属部门除安全部、国防部等特殊部门外，已全部纳入部门预算报送范围。同时，报送全国人大审议的部门预算内容不断细化，将中央财政用于农业、教育、科技、医疗、社保等方面涉及人民群众根本利益的重大支出总量和结构情况报全国人大审议，对年初不能列入部门预算由中央总预算作预留安排的项目的详细安排情况，也向国务院报告并转送全国人大备案。
    (4）预算外资金管理更加规范、透明。近年来，财政部在深化“收支两条线”改革方面做了大量工作，初步实现预算外资金的规范管理。截至目前，国务院批准的收费项目的90％已纳人预算管理，政府性基金则全部纳人预算管理。同时，地方各级财政部门也大力加强预算外资金管理，推动依法理财，促进了廉政建设。
    (5)完善地方财政向人大报送预算的制度。财政部印发了《关于地方政府向人大报告财政预、决算草案和预算执行情况的补充通知》 （财预【2006 】457 号），要求地方政府要将上级政府对本地区（包括本级和下级）的税收返还和补助全额编入地方本级预算，进一步督促地方提高预算的完整性，配合人大、审计等部门加强对地方预算的监督和管理。
    (6)建立财政部门政务公开制度。为增强财政透明度，财政部印发了《关于进一步推动地方财政部门政务公开的意见》 （财预【2006】7 号），对地方各级财政部门政务公开的指导思想和原则、公开内容、公开形式、公开程序、工作要求、制度保障等做出了详细规定，使地方财政部门的政务公开工作有章可循，纳入制度化轨道。