部门预算是政府部门依据国家有关政策规定及其行使职能的需要，由基层预算单位编制，逐级上报、审核、汇总，经财政部门审核后提交立法机关依法批准的涵盖部门各项收支的综合财政计划。通俗地说就是一个部门编制一本预算，并通过该预算全面反映部门的各项收支。它是政府预算的重要组成部分。
    改革开放以来，我国财政管理制度进行了一系列重大改革，但改革的重点主要集中在财政收入管理方面，支出管理尤其是支出预算编制的改革相对滞后。虽然地方财政部门在综合预算、零基预算等方面努力进行了一些改革与探索，但一直没有进行深层次和根本性的改革，传统的预算管理制度所造成的问题日益突出，比如政府预算不完整、不统一；预算编制较粗放、内容不细化；预算编制方法较简单、不够科学；预算编制时间短、程序不够规范；预算执行的随意性大、约束力不强；预算不透明，监督力度差；财政支出效益不高等。传统的预算编制和管理制度越来越不适应社会主义市场经济发展的要求，改革势在必行。
    1999年6月，审记署代表国务院在九届全国人大常委会第十次会议所作的《关于1998年中央预算执行情况和其他财政收支的审计工作报告》和全国人大常委会在审议1998年中央决算和中央财政审计报告中都提出要改进和规范中央预算编制工作。财政部以此为契机，经国务院批准，从2000年开始实行中央部门预算编制改革。2000年，财政部在河北召开了全国预算编制改革座谈会，这次会议之后，我国各级地方财政预算编制改革的步伐明显加大，普遍开始实施部门预算改革。