我国现行的预算科目体系是建国初期参照原苏联体制设计的，随着社会主义市场经济体制的完善、公共财政体制的逐步确立，以及部门预算、国库集中收付等各项财政改革的不断深入，现行科目体系的弊端也越来越明显：（1）与市场经济体制下的政府职能转变不相适应。目前的预算收支科目，如基本建设支出等，按照过去政府代替市场配置资源的思路设计，既不能体现目前政府职能转变和公共财政的实际，也带来了一些不必要的误解，影响各方面对我国市场经济体制的认识。（2）不能清晰地反映政府职能活动。现行预算支出科目主要是按“经费”性质进行分类，使政府究竟办了什么事在科目上看不出来，很多政府的重点工作支出如农业、教育、科技等都分散在各类科目中，形不成一个完整的概念，不透明，不清晰，往往造成“外行看不懂，内行说不清”。（3）财政管理的科学化和财政管理信息化受到制约。现有的支出目级科目涵盖的范围偏窄，财政预算中大多数资本性项目支出，以及用于转移支付和债务等方面的支出都没有经济分类科目反映。另外，现有目级科目也不够明细、规范和完整。（4）财政预算管理和监督职能弱化。现有《政府预算收支科目》只反映财政预算内收支，不包括应纳入政府收支范围的预算外收支和社会保险基金收支等，给财政预算全面反映政府各项收支活动，加强收支管理带来较大困难，尤其是不利于综合预算体系的建立，不符合十六届三中全会提出的实行全口径预算管理的方向，也不利于从制度、源头上预防腐败。（5）与国民经济核算体系和国际通行做法不相适应，既不利于财政经济分析与决策，也不利于国际比较与交流。