实行出口退税机制改革前，原有机制中存在一些亟待解决的矛盾和问题，主要是不利于深化外贸体制改革，不能适应优化产业结构的要求，负担机制不尽合理，并缺乏稳定的资金来源等。。这使得出口退税资金无法及时得到保证。，欠税、退税问题十分严重，影响了企业正常的生产经营和我国对外贸易的健康发展，给财政和经济运行带来了隐患，也有损于政府的形象和信誉。改革出口退税机制，根本解决出口欠税、退税问题，是贯彻党的十六大精神，适应国际经济环境和我国加入世贸组织后的新形势，深化财税和外贸体制改革的重大举措，具有重大意义。
　　从2004年起实行的出口退税机制改革运行一年多，进展总体顺利，基本实现了预期目标，全部还清了历年累计拖欠的出口退税款，建立了中央与地方共同负担出口退税的机制。但是，新机制在运行中也出现了一些新情况和新问题，主要是地区负担不均衡，部分地区负担较重，个别地方甚至限制外购产品、限制引进出口型外资项目等。为此,国务院决定在坚持中央与地方共同负担出口退税的前提下，进一步完善出口退税负担机制。自2005年1月1日起，维持2004年经国务院批准核定的各地出口退税基数不变，超基数部分中央、地方分担比例由75∶25改为92.5∶7.5。出口退税机制改革实现了“老账”还清、“新账”不欠的目标，提高了诚信政府的形象，促进了产业结构调整和外贸出口，调动了地方政府参与管理的主动性和积极性。